O corpo docente do Departamento de Anatomia da UERJ está inserido em dois Programas de Pós-Graduação, ambos strictu sensu  e com cursos de Mestrado e Doutorado Acadêmico, autorizados pela CAPES/MEC.
 
O PPG em Fisiopatologia e Ciências Cirúrgicas se concentra em estudos sobre o Sistema Urogenital, Cirurgia Plástica (estética e reconstrutiva), e Cirurgia Experimental. Desde seu início, em 2006 foi seguidamente avaliado com nota 5 (excelente) pela CAPES.
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O PPG em Biologia Humana e Experimental se concentra em estudos sobre Biologia e Reparo Tecidual, Imunogenética, Doenças e Transplantes, Metabolismo, Doenças Crônicas e Ações Farmacológicas, Nutrição Experimental, e Ensino em Saúde. Criado em 1993  como curso de Mestrado, passou a ter também curso de Doutorado em 1997, ainda sob o nome de PPG em Morfologia. Em 2007 mudou seu nome para o nome atual. Desde 2008 tem sido avaliado com nota 4 (muito bom) pela CAPES.
 
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